Чтобы в выписке банка отразить разные НДС для разных сумм или объектов расчетов необходимо в документе "Списание безналичных денежных средств" зайти на вкладку "Расшифровка платежа" и нажать кнопку "Списком":

 

Откроется окно со списком, в котором вы сможете добавить несколько строк с разными НДС: